WNYC: n hallitukseen kuuluu 4-7 jäsentä. Hallituksen työtä johtaa vuosittain valittava kommodori. Myös varakommodori valitaan vuosittain. Muut hallituksen jäsenet valitaan kahdeksi vuodeksi kerrallaan. Yksi näistä jäsenistä toimii myös yhdistyksen taloudenhoitajana.

Magnus Vaenerberg on toiminut kommodorina seuran perustamisesta lähtien. Samoin on varakommodori Jussi Mankki sekä taloudenhoitaja Patrik Hertsberg. Hallitukseen kuuluu lisäksi Martin Stude. Seuran jäsenet ovat tervetulleita esittämään mielipiteitä tai kysymyksiä hallituksen jäsenille seuran toiminnasta ja kehittämisestä.